בן אברהם ולובה. אלי נולד ביום י"ח באב תרפ"ה (7.8.1925) בברלין, בירת גרמניה. בן להורים ציוניים, ששלחוהו ללמוד בבית הספר היהודי-ציוני ברחוב קליפשטוק, בו החל ללמוד עברית.

בשנת 1933, כשהנאצים עלו לשלטון בגרמניה, הם השתלטו על חנות הממתקים המשפחתית. המשפחה עזבה את גרמניה, כאשר האב עלה לארץ ישראל והאם ושני הבנים עברו לקרלסבד בצ'כוסלובקיה, שם המתינו שהאב ישיג להם סרטיפיקטים (אישורי עלייה).

בשנת 1934 הגיעו כל בני המשפחה לארץ ישראל, לתל אביב. אלי התחיל ללמוד בבית הספר לבנים "אחד העם" בעיר. ב-1938 הוא סיים את לימודי היסוד ויצא לעבודה חרשתית. הוא המשיך ללמוד לימודים תיכוניים כתלמיד אקסטרני, כן הצטרף לתנועת "הצופים" והיה פעיל ומדריך בשבט ע"ש מאיר דיזנגוף.

בשנת 1942 יצאו אלי וחבריו להכשרה בקבוצת השרון בעמק יזרעאל (היא רמת דוד של היום). שם גם התמסר אלי לפיתוח תחביביו – שיפור כושרו הגופני ואילוף כלבי תקיפה.

בשנת 1945, ימי מלחמת העולם השנייה, התגייס אלי לצבא הבריטי, יחד עם קבוצת תגבורת שהייתה מיועדת לחטיבה היהודית הלוחמת (חי"ל). מאותה שנה עסק באופן רצוף בשירות ביטחוני, כל חייו.

במסגרת הצבא הבריטי אלי שירת בחי"ל במצרים, בבלגיה ובהולנד. משתמה מלחמת העולם והבריגדה העברית פורקה פנתה ה"הגנה" ליוצאי הבריגדה בעודם באירופה בבקשה שיעבירו את תעודותיהם לפליטים יהודים, שלא הייתה דרך להוציאם מהיבשת שכן הבריטים אסרו על עלייה לארץ – התעודות הועברו לפליטים יהודים הדומים לבעלי התעודות, הפליטים הולבשו במדי חיילים וכך, עם תעודה לא שלהם, הצליחו להגיע לארץ ישראל. המתנדבים, ביניהם אלי, נשארו באירופה עם מסמכים מזויפים, עזרו בארגון הפליטים היהודים, לימדו אותם עברית וארגנו את עלייתם ארצה (עלייה ב'). המבצע הזה תועד בספרו של כרמי פתאל - "הכפילים בשליחות הצלה עלומה".

משנת 1945 עד 1947 נשאר אלי באירופה ועסק בענייני עלייה ב'. הוא עבד תחת פיקודו של ז' הרינג מהגדוד השלישי בבריגדה, ועבר בכמה ממחנות הפליטים הגדולים בגרמניה. עיקר עבודתו הייתה עם "ילדי הקואורדינציה" – ילדים יהודים שהעבירו את המלחמה במנזרים או אצל משפחות נוצריות. אלי וחבריו גאלו, לעתים בכסף, ילדים אלו ממקומות המחבוא והשיבו אותם לחיק עמם.

בשנת 1947 חזר אלי לארץ בעלייה ד' (עלייה בלתי ליגלית, בניירות מזויפים) עם קבוצה של עליית הנוער. הוא שב לרמת דוד, ומיד החל בהקמת הכלבייה של הפלמ"ח. זאת לאחר שכבר בגרמניה, כמה חודשים קודם לכן, כשהמצב בארץ החמיר והבריטים פרקו את היהודים מנשקם, הוא הציע ליגאל אלון לבנות כלבייה רצינית, כדי שליחידות הפלמ"ח חסרות הנשק תהיה לפחות הגנה בדמות זוג כלבים.

הצעתו של אלי להקמת כלבייה ולגידול כלבי שירות – כלב קרב, כלב סיור, כלב שמירה, כלב מגלה מוקשים, כלב מקשר וכלב הולך בעקבות - הייתה מפורטת מאוד, וכללה הסברים וחישובי תקציב מפורטים שהעידו על רצינותו ומקצועיותו. כך כתב בדברי ההסבר:

"לגידול כלבי שירות בארץ יש עבר והווה די פורה וברצוננו להתוות תכניות לעתיד. יש ביכולתנו להתחשב בניסיון שנרכש ובעיקר ללמוד את הלקח הדרוש ... בתנאי הארץ, הן מחמת מחסור בכוח אדם והן מטעמי ביטחון, כדאי לשתף בעבודות מסוימות הכרחיות מינימום של אנשים מצד אחד, ויחד עם זה מחובתנו להבטיח את האנשים, בעיקר בשטחים הערבים, מהתגרות ומתגרות אפשריות ... את הפתרון לבעיה זו אפשר למצוא בנקל על ידי שימוש נכון בחוליית קרב כלבית מורכבת (ארבעה כלבי קרב וכלב סיור) שיכולים לעמוד ולהתגבר בקטטה על חמישה-עשר אנשים מזוינים במקלות ובסכינים ... לחוליית הקרב הכלבית אופק רחב במארבים. כמו כן אפשר לנצל חוליה כזו בסתימת פרצות בתגרה בשדה פתוח. ברוב המקרים של מסעות רגילים אפשר להבטיח בנקל את העורף והצדדים מהתגרות או מזריקת אבנים על ידי הליווי המתאים של כלב או שניים. בהבטחת עליות לקרקע כדאי להשתמש בכיתת כלבנים, בייחוד במקומות שבהם יש חשש להתגרות".

בהמשך פעל אלי מטעם מטה הפלמ"ח כאחראי לאילוף כלבים לתקיפה ולגילוי מוקשים. הכלבייה שהקים מנתה בשיאה שמונה-עשר כלבים. במקביל הוא גם הדריך כסמל מחלקה בבסיס אימונים של הגדוד השישי של הפלמ"ח בתל מונד ובפרדס חנה.

בראשית פברואר 1948 גויס אלי לחיל הרגלים ולחטיבת "גולני", יצא לנגב ושימש במלחמת העצמאות כחבלן וכקצין תרבות בגדוד תשע בחטיבת הנגב, תחת פיקודו של חיים בר-לב. הוא השתתף במרבית הקרבות של הגדוד, כמו במשטרת נגבה, בכיבוש באר שבע, בפשיטות לרפיח ועוד. אלי היה האחראי בגדוד להפעלת כלבי תקיפה, והכלבים שהוא אילף השתתפו בפעילויות רבות במלחמה, ביניהן כיבוש משטרת עיראק-סווידאן.

בהמשך המלחמה שירת אלי כקצין חינוך גם של הצ'יזבטרון. אחרי המלחמה הוא השתתף בהקמת הנח"ל , המשיך בתפקידי פיקוד והדרכה בנח"ל ובבית הספר לקצינים, שם הדריך במחזור ט' בשנת 1951, והוא בדרגת סרן. בין לבין, כשיו"ר הסוכנות זלמן שז"ר נסע לגרמניה עם קום המדינה יצא עמו אלי, כמלווה אישי שלו. ב-1952 אלי פיקד על משמר הכבוד בהלוויית נשיא המדינה חיים ויצמן.

בשנת 1953 יצא אלי לקורס מפקדי גדודים. בין 1954 ל-1956 הוא היה מפקד בית הספר למפקדי כיתות של גולני בג'וערה. בנובמבר 1955 השתתף, כמפקד קורס המ"כים, במבצע "הר געש" בסבחה.

דב סלע היה חניך של אלי בבית הספר למ"כים. כך הוא סיפר: "הקורס שנמשך מעל לארבעה חודשים היה קשה ומתיש, מה עוד שהמפקד היה מכור להעלאת הכושר הגופני, באמצעות ספורט בכלל והתעמלות בפרט". דב המשיך וסיפר על שיחת היכרות שניהל עמו המפקד ועל רשמיו בעקבותיה: "גיליתי שאלי המפקד הוא אדם נפלא ואציל נפש, איש ערכים, צנוע, רגיש וחם. ממוקד בדאגה ובמסירות לחניכיו, בעיצוב אישיותם, בחינוכם ובהדרכתם ... שמחתי שהכרתי את אלי, כי הוא שימש לי דמות מופת בחיי".

בשנת 1956, היה אלי קצין אג"ם בחטיבת גולני, תחת פיקודו של בנימין ג'יבלי, הוא השתתף בפעולות התגמול, בתכנון מבצע סיני ובמלחמת קדש עצמה. באותה שנה הוא גם יצא ללימודים כדי להשלים בגרויות, וב-1957 הצליח במשימה ואף הוכתר כתלמיד המצטיין בכיתה.

בהמשך שירת אלי בין 1959 ל-1960 כמפקד ענף חי"ר בבית הספר לחי"ר בנתניה.

בשנת 1959 נשלח אלי ללימודים במחזור ו' בבית הספר לפיקוד ומטה של צה"ל (פו"ם). בשנת 1960 הוא סיים את הלימודים בהצלחה ובהערכה גבוהה מאוד, הוא היה אחד משני המשתתפים בקורס שהועלו לדרגת סגן-אלוף בתום הלימודים, ומונה למפקד הפנימייה הצבאית שליד בית הספר הריאלי בחיפה.

אלי כיהן כמפקד הפנימייה הצבאית בחיפה מדצמבר 1960 עד נובמבר 1965. הוא היה המפקד הרביעי של הפנימייה, שהוקמה ב-1953. כשנכנס לתפקיד הפנימייה הייתה מוסד תלת-שנתי, הוא זה ששינה את הפנימיה, למוסד המחנך במשך ארבע שנות לימוד.

ג' קנולר, מכר של אלי, סיפר שבהיכנס אלי לתפקיד מפקד הפנימייה הוא אמר "אני אכניס רוח משלי. אצלי הם ילכו איתי", ואכן כן היה: "רוח זו שהכניס לפנימייה הייתה רעננה וסוערת. בשנות עבודתו בפנימייה עיצב אלי את אופיה, בניגוד לתפיסות שהיו קיימות עד בואו. לדוגמה: חובת חתימה לצבא הקבע שהוטלה על כל בוגר הפנימייה. ואכן, בוגרים רבים תרמו רבות לצה"ל כקצינים במלחמות ישראל.

אלי היה לא רק מפקד, שידע להוליך את הצעירים אחריו, כי אם צעד איתם ולצידם והם צעדו איתו במשעול שבו הוליך אותם. הוא היה מפקדם, אך היה גם ידידם. הפנימייה זקוקה לאם בית. החניכים זקוקים לאימא וכל עוד אין תפקיד כזה בפנימייה, חייב המפקד להיות לאב ולאם. אותה מסירות אשר גילה אלי כאב למשפחתו ולילדיו היה מאציל גם על חניכיו".

חניכי הפנימייה לומדים בבית הספר הריאלי בחיפה. מנהל בית הספר, מר י' שפירא, סיפר על דמותו של אלי: "כל מי שהכיר את אלי אורן מקרוב לא יכול היה שלא להתרשם מדמותו הנלבבת והמיוחדת במינה. הקווים בדמותו שבלטו במיוחד לעין היו: צניעות ופשטות הליכות, להט להיחלצות, דבקות במשימה, זיקה עמוקה לזולת ולכלל ונכונות אין קץ לשרתם. הצניעות והפשטות בהליכותיו היו טבועות עמוק בנשמתו ולא היה בהן שמץ של מלאכותיות ומגמתיות.

כל מי שבא במגע איתו, ובייחוד חניכיו, התרשם עמוקות מתכונותיו אלו. הלהט להיחלצות והדבקות במשימה היו אצלו תכונות שנבעו מיסודות עמוקים. הן היו בבחינת אש אצורה בעצמותיו ולא נתנו לו מנוח. כל יום הביא עמו יוזמות חדשות ותביעה לפעולה, למעשה ולהיחלצות, וברקע וכמניע לכל אלה הייתה זיקתו לזולת ולכלל. זיקה זו נבעה אצלו מהומניות יתרה, אהבה יתרה של איש תמים לאדם, לאומה - ובמיוחד לנוער".

במקביל לתפקידו בפנימייה מונה אלי למפקד גדוד 127, תפקיד אותו מילא מפברואר 1961 עד אוקטובר 1963.

בראשית שנת 1966 מונה אלי למדריך בבית הספר לפיקוד ומטה, תפקיד אותו מילא עד מותו.

בנוסף לתפקידו בפו"ם מונה אלי ביוני 1966 למפקד גדוד 115. הוא מילא תפקיד זה עד יולי 1967, ובמסגרת זו לחם במלחמת ששת הימים (יוני 1967) ברצועת עזה, בגזרת כרם שלום – ניר יצחק. בין היתר הוא ניהל משא ומתן עם משלחת נכבדי רפיח שבאה להיכנע.

לאחר סיום המלחמה שב אלי לתפקידו כמדריך בפו"ם. הוא חי עם משפחתו בגבעתיים, והחל ללמוד בחוג להיסטוריה באוניברסיטת תל אביב. אלי למד במסלול חד-חוגי משולב בפו"ם, ועמד לסיים את לימודיו בסוף 1970.

ביום ג' בתשרי תשל"א (3.10.1970), לאחר עשרים וחמש שנות שירות למען המדינה והעם, נפטר אלי בעקבות מחלה. בן ארבעים וחמש בנפלו. את גופתו ציווה לחוג לאנטומיה באוניברסיטת תל אביב לצרכי מחקר. באוקטובר 1971 הובא אלי למנוחת עולמים בבית העלמין הצבאי בקריית שאול, תל אביב.

אלי הותיר אישה, שני בנים ושתי בנות.

במלאת שלושים לפטירת אלי נערכה ב"בית פבזנר" בחיפה אזכרה בהשתתפות בני המשפחה, קהל מוקירי זכרו, חבריו לצה"ל, חבר המורים של בית הספר הריאלי וחניכי הפנימייה.

רבים העלו בערב זה זיכרונות מאלי וציירו קווים לדמותו. מנהל בית הספר הריאלי בחיפה, מר י' שפירא, אמר: "אלי בא לתחום החינוך מן השדה. רק לאחר שנכנס לתוכו הרגיש צורך להשתלם ולהצטייד בנכסים ובכלים הדרושים לתפקיד זה. אף על פי כן היה הוא אחד המחנכים המעולים שפעלו בפנימייה הצבאית ואחד האישים שהטביעו חותם עמוק בשכבות הגיל שעמדו תחת השפעתו והדרכתו, חותם שצה"ל מתברך בו עד היום ...

אין ספק שמורשתו החינוכית של אלי תמשיך לתת את אותותיה המבורכים במוסד, אשר בראשו עמד במשך חמש שנים. ואין ספק שבתולדות הפנימייה הצבאית מובטח לו מקום נכבד, כאחד המפקדים שחלקו רב בעיצוב דמותה של הפנימייה ובעיצוב דמותם של חמשת המחזורים שיצאו ממנה באותן שנים.

אין תמורה למשפחתו על האבדה במותו. כל מה שנוכל לומר להם הוא כי האבדה אינה רק שלהם, אלא גם שלנו".